Etelä-Pohjanmaan Steiner-koulun taustalla on voittoa tavoittelematon yleishyödyllinen kannatusyhdistys, joka koostuu vanhemmista ja koulun työntekijöistä. Yhdistyksen jäsenet valitsevat vuosittain keskuudestaan hallituksen. Hallitus ja rehtori muodostavat koulun johtokunnan, joka vastaa E-P:n Steiner-koulun toiminnasta ja taloudesta. Johtokuntaan kuuluvat 21.11.2011 alkaen:

Puheenjohtaja Toni Lahtela
Varapuheenjohtaja Iiri Jutila
Sihteeri Arja Nisula
Jäsenet Minna Bengs-Shrestha, Siem van Kampen, Heli Myllymäki, Hannu Paju, ja Timo Uusipaavalniemi.

Hallintoon kuuluu myös opettajakunta, jonka muodostavat koulumme luokanopettajat ja päätoimiset tuntiopettajat. Opettajakunta kokoontuu kouluaikoina viikoittaiseen kokoukseensa. Opettajakunta vastaa koulun opetuksen, kasvatuksen ja oppilashuollon hallintotehtävistä.

Tarkemmin vastuut on määritelty yhdistyksen säännöissä ja koulun johtosäännössä.