Etelä-Pohjanmaan Steiner-koulun taustalla on voittoa tavoittelematon yleishyödyllinen kannatusyhdistys, joka koostuu vanhemmista ja koulun työntekijöistä. Yhdistyksen syyskoukouksessa valitaan erovuoroisten jäsenten tilalle tarvittaessa uusia jäseniä yhdistyksen hallitukseen. Hallitus ja rehtori muodostavat koulun johtokunnan, joka vastaa E-P:n Steiner-koulun toiminnasta ja taloudesta.  Johtokuntaan kuuluvat 1.1.2017 alkaen:

Puheenjohtaja Tuomas Haapamäki
Sihteeri Virpi Lehtimäki (rehtori)
Jäsenet Hannu Paju, Liina – Maaria Lönnroth, Outi Vataja, Sanna Paloluot, Johanna Mäenpää, Timo Matilainen ja Sanna Alasaari.

Hallintoon kuuluu myös opettajakunta, jonka muodostavat koulun luokanopettajat ja päätoimiset tuntiopettajat. Opettajakunta kokoontuu kouluaikoina viikoittaiseen kokoukseensa. Opettajakunta vastaa koulun opetuksen, kasvatuksen ja oppilashuollon hallintotehtävistä.

Tarkemmin vastuut on määritelty yhdistyksen säännöissä ja koulun johtosäännössä.

Johtokunnan puheenjohtajalle voi lähettää sähköpostia: johtokunta@epsteiner.fi